Ich hatte ein ganz ähnliches Problem – die Trophäensynchronisation hat einfach gehangen und es ging nichts mehr weiter. Zuerst habe ich versucht, die Datenbank im Sicherheitsmodus neu aufzubauen, aber das hat leider überhaupt nichts gebracht – das Problem blieb bestehen.
Dann habe ich mich entschlossen, nicht weiter Zeit mit Herumprobieren zu verschwenden und die Konsole komplett initialisiert (nicht die Schnellvariante, sondern die vollständige). Und siehe da – danach lief wieder alles einwandfrei. Trophäen wurden wieder korrekt synchronisiert, Spielelisten wurden richtig angezeigt und es gab keine Fehlermeldungen mehr.
Einziger Nachteil: Der ganze Prozess hat ordentlich Zeit gekostet – Profil neu einrichten, alle Spiele und Inhalte von Disc und PS Store neu installieren etc. Zum Glück hatte ich meine Spielstände vorher in der Cloud gesichert – kann ich jedem nur dringend empfehlen, das vor der Initialisierung zu machen, sonst ist der Fortschritt futsch.
Fazit: Wenn jemand ähnliche Probleme hat – lieber gleich komplett initialisieren. Klar, ist etwas Aufwand, aber definitiv besser, als ewig nach der Ursache zu suchen.