Das klingt nach einem Synchronisationsproblem mit den Trophäenservern von Sony. Wenn die Trophäen im Spiel selbst aufploppen, werden sie lokal gespeichert, aber noch nicht richtig mit dem PSN-Konto abgeglichen.
Ich würde mal versuchen: Konsole komplett neu starten, dann die Trophäenliste manuell öffnen und kurz warten, bis sie synchronisiert. Danach unter Trophäen → Optionen → Mit PlayStation Network synchronisieren auswählen.
Falls das nicht hilft, eventuell einmal von PSN ab- und wieder anmelden. Bei manchen Spielen (vor allem ältere oder kleinere Titel) kann es auch vorkommen, dass die Trophäenliste erst nach einer erneuten Synchronisation auftaucht.